První mezivládní dohoda o pronájmu kosmodromu Bajkonur a oblastech pro dopad prvních stupňů raket byla podepsána v lednu 1994 s platností do roku 2020. Současně bylo stanoveno, že město Bajkonur bude "dočasně" podléhat ruskému řízení a judikatuře. Přestože smlouva byla pro Kazachstán poměrně výhodná, snažil se o její revizi a v roce 2004 byla smlouva rozšířena a prodloužena do roku 2050. I prodloužení na straně Kazachstánu neproběhlo hladce: smlouva byla podepsána 9. ledna 2004 prezidenty Purinem a Nazarbajevem, ale ratifikace parlamenty proběhla v květnu 2005 na ruské straně a až v březnu 2010 v kazašském parlamentu.
Od té doby se v Kazachstánu vyskytly hlasy po další revizi smlouvy a několikrát kazašské úřady vydaly zákazy startu raket ze základny. Největším "zádrhelem" všech jednání se postupně stalo město Bajkonur s více než 70 tisíci obyvatel, z nichž velkou většinu tvoří ruští občané pracující na kosmodromu. Za pronájem Rusko platí Kazachstánu 115 miliónů dolarů a další asi 1,5 miliardy rublů (50 miliónů dolarů) investuje do infrastruktury kosmodromu. Současně poskytuje přibližně miliardu rublů (přes 30 miliónů dolarů) do rozpočtu města. Ročně tak Rusko do Kazachstánu vkládá 6 miliard rublů (asi 200 miliónů dolarů).
V poslední době se do čela proudu za obnovu jednání o nové nájemní smlouvě zařadil Talgat Musabajev, šéf Národní kosmické agentury Kazachstánu. Vyvrcholením byl Musabajevův projev v prosinci minulého roku v kazašském parlamentu, v němž požadoval vypracování nové nájemní smlouvy a vyjmutí města Bajkonur z ruské pravomoci. Musabajev dále nevyloučil, že by se měl omezit počet startů nosné rakety Proton z kosmodromu (důvodem je neekologické palivo) a současně obvinil Rusko, že neplní smlouvu o výstavbě komplexu Bajtěrek. Komplex Bajtěrek, který měla spravovat stejnojmenná kazašsko-ruská společnost, měl být využíván pro budoucí nosné rakety řady Angara. Rusko buduje na novém kosmodromu Vostočnyj v Amurské oblasti moderní startovní komplexy, z nichž mohou startovat i rakety typu Angara, a výstavba Bajtěrku už pro ně není tak důležitá.
Rusko podle sdělovacích prostředků zaslalo Kazachstánu koncem loňského roku nótu, ve které požaduje vysvětlení Mausabajevových výroků. Oficiální odpověď zatím nebyla zveřejněna, ale kazašská strana prostřednictvím nejvyšších představitelů vydala prohlášení, v němž uvádí, že Rusko zůstává nadále jejím strategickým partnerem v oblasti kosmické činnosti. Není divu, infrastruktura kosmodromu je zastaralá a vyžaduje rozsáhlou obnovu a naděje Kazachů, že základnu pronajmou Spojeným státům je lichá - Američané mají vlastní základny (a lépe situované vzhledem k rovníku) a transport raket na Bajkonur by komerční starty podstatně podražil. A vlastní kosmický program Kazachstánu naráží na omezenou technologickou základnu i nedostatek odborného personálu. Naprostá většina technologického vybavení kosmodromu byla dovezena z Ruska, případně Ukrajiny, a převážná většina technického personálu jsou Rusové, kteří dávají najevo, že v případě přechodu Bajkonuru pod kazašskou správu zemi opustí a vrátí se do Ruska.
Další nepříjemností pro Kazachstán je, že Chruničevovo kosmické středisko, které vyvíjí novou řadu nosných raket Angara preferuje nový kosmodrom Vostočnyj (první start se uskuteční z kosmodromu Pleseck). Po běžném nasazení raket Angara, někdy kolem roku 2020, se bude provoz raket Proton omezovat a pokud Angara nebude létat z Bajkonuru, Kazachstán přijde o příjmy z komerčních startů. Proto je zřejmá snaha o revizi dohody o pronájmu Bajkonuru a zachování dosavadní výše příjmů. Nový kosmodrom Vostočnyj Rusové staví bez účasti Kazachstánu a vlastně na jeho úkor.
Nová jednání rusko-kazašské komise o Bajkonuru mají být zahájena v březnu letošního roku a do té doby by mělo být jasné, jak se bude postupovat v otázce budování komplexu Bajtěrek. Kazachstán bude zřejmě požadovat zahájení výstavby nového komplexu a pokud se s Ruskem nedohodne, nabídne spolupráci Indii nebo Ukrajině, jak řekl kazašský politolog Dosym Satpajev. A právě argumentace jinými zájemci by měla být hlavní zbraní Kazachstánu při budoucích vyjednáváních.